knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX040380.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01608

4 Motif M01620

5 Motif M01504

6 Motif M01532

7 Motif M00451

8 Motif PBM0120

9 Motif M00084

10 Motif M01219

11 Motif M01122

12 Motif M01303

13 Motif M01118

14 Motif M00649

15 Motif M01962

16 Motif PBM0162

17 Motif PBM0145

18 Motif M00001

19 Motif M00724

20 Motif M01220

21 Motif M01525

22 Motif MA0018.2

23 Motif M00338

24 Motif M00041

25 Motif M00106

26 Motif PBM0047

27 Motif M00078

28 Motif M01970

29 Motif PBM0203

30 Motif M00615

31 Motif PBM0127

32 Motif MA0076.1

33 Motif M01988

34 Motif M01987

35 Motif M01986

36 Motif M01985

37 Motif M01167

38 Motif M00032

39 Motif M01700

40 Motif M01642

41 Motif M01639

42 Motif M02040

43 Motif M00237

44 Motif PBM0113

45 Motif PBM0110

46 Motif M00244

47 Motif M00797

48 Motif M00976

49 Motif MA0100.1

50 Motif M00428

51 Motif M01096

52 Motif M00986

53 Motif M00227

54 Motif M00491

55 Motif M01241

56 Motif M00108

57 Motif M01933

58 Motif M01673

59 Motif M01972

60 Motif M00245

61 Motif M00243

62 Motif M00235

63 Motif M00049

64 Motif M01636

65 Motif PBM0126

66 Motif PBM0104

67 Motif PBM0132

68 Motif PBM0135

69 Motif PBM0116

70 Motif M01940

71 Motif MA0006.1

72 Motif M00654

73 Motif M01935

74 Motif M01559

75 Motif M00938

76 Motif M00008

77 Motif MA0146.1

78 Motif M01002

79 Motif M01966

80 Motif M01924

81 Motif M00730

82 Motif M00740

83 Motif M01899

84 Motif M01597

85 Motif PBM0121

86 Motif PBM0114

87 Motif PBM0107

88 Motif M01182

89 Motif M00806

90 Motif MA0119.1

91 Motif M01196

92 Motif M00916

93 Motif M00917

94 Motif M01512

95 Motif M01648

96 Motif M01843

97 Motif M01613

98 Motif MA0117.1

99 Motif M00322

100 Motif M00644

101 Motif M00466

102 Motif M01617

103 Motif PBM0105

104 Motif PBM0131

105 Motif PBM0115

106 Motif PBM0130

107 Motif PBM0129

108 Motif PBM0128

109 Motif PBM0119

110 Motif M00025

111 Motif M02039

112 Motif M02038

113 Motif M02037

114 Motif M01992

115 Motif M01982

116 Motif M01979

117 Motif M01976

118 Motif M00262

119 Motif M01660

120 Motif MA0048.1

121 Motif M00255

122 Motif M01114

123 Motif M00940

124 Motif M00939

125 Motif M01838

126 Motif M01492

127 Motif M00263

128 Motif M01951

129 Motif M00920

130 Motif M00516

131 Motif M01812

132 Motif M00113

133 Motif M00017

134 Motif PBM0198

135 Motif PBM0181

136 Motif PBM0023

137 Motif M01550

138 Motif M01517

139 Motif M01839

140 Motif M01961

141 Motif M01104

142 Motif M01635

143 Motif M01649

144 Motif M00942

145 Motif M00799

146 Motif M00217

147 Motif M01699

148 Motif M01050

149 Motif M01577

150 Motif M01068

151 Motif M01544

152 Motif M01251

153 Motif M00345

154 Motif M00321

155 Motif MA0003.1

156 Motif M00470

157 Motif M00469

158 Motif M01948

159 Motif M00361

160 Motif M01852

161 Motif M01903

162 Motif M01629

163 Motif M01593

164 Motif M01947

165 Motif M00697

166 Motif M00694

167 Motif M00036

168 Motif M01862

169 Motif M01820

170 Motif M01586

171 Motif M00691

172 Motif M00513

173 Motif M01863

174 Motif M01187

175 Motif M01186

176 Motif M00179

177 Motif M00178

178 Motif M01861

179 Motif M00981

180 Motif M00946

181 Motif M00944

182 Motif M00375

183 Motif M00039

184 Motif M00514

185 Motif M00121

186 Motif M00369

187 Motif M00366

188 Motif M00187

189 Motif M01584

190 Motif PBM0089

191 Motif M00434

192 Motif M00236

193 Motif MA0104.2

194 Motif M00624

195 Motif M00739

196 Motif M00736

197 Motif MA0024.1

198 Motif M00738

199 Motif M00737

200 Motif M00431

201 Motif M00427

202 Motif M00426

203 Motif M00050

204 Motif M01567

205 Motif M00788

206 Motif M01958

207 Motif M01959

208 Motif M00936

209 Motif M00376

210 Motif M01957

211 Motif M01511

212 Motif M00490

213 Motif PBM0019

214 Motif M00982

215 Motif M00932

216 Motif M01944

217 Motif M01175

218 Motif M01561

219 Motif PBM0124

220 Motif MA0057.1

221 Motif M00196

222 Motif MA0079.2

223 Motif M00933

224 Motif M00918

225 Motif M00014

226 Motif M01925

227 Motif MA0088.1

228 Motif M00425

229 Motif M00492

230 Motif PBM0172

231 Motif PBM0171

232 Motif M01643

233 Motif M01816

234 Motif M00693

235 Motif M00223

236 Motif MA0069.1

237 Motif M00660

238 Motif M01946

239 Motif M01818

240 Motif M02036

241 Motif M00069

242 Motif M00442

243 Motif MA0055.1

244 Motif M01302

245 Motif M01516

246 Motif M01917

247 Motif M01927

248 Motif M01563

249 Motif PBM0013

250 Motif M01558

251 Motif PBM0200

252 Motif M01793

253 Motif M00985

254 Motif M00796

255 Motif M00182

256 Motif M00945

257 Motif M00371

258 Motif M00370

259 Motif M00220

260 Motif M01742

261 Motif M00652

262 Motif M01938

263 Motif M01057

264 Motif M01551

265 Motif M01681

266 Motif M01035

267 Motif M01752

268 Motif M00064

269 Motif PBM0191

270 Motif PBM0176

271 Motif M00339

272 Motif MA0138.2

273 Motif M01256

274 Motif M00325

275 Motif M00256

276 Motif M01028

277 Motif M01200

278 Motif M01911

279 Motif M00973

280 Motif M01641

281 Motif M01513

282 Motif M00333

283 Motif M00435

284 Motif M01065

285 Motif M01916

286 Motif M01857

287 Motif MA0139.1

288 Motif M01259

289 Motif M00007

290 Motif MA0007.1

291 Motif M00171

292 Motif M01744

293 Motif M00666

294 Motif M01548

295 Motif M01840

296 Motif M00281

297 Motif PBM0186

298 Motif M00024

299 Motif M01662

300 Motif M00919

301 Motif MA0058.1

302 Motif M00279

303 Motif M00698

304 Motif M01598

305 Motif M01571

306 Motif M01124

307 Motif M01298

308 Motif M01500

309 Motif M00443

310 Motif M01585

311 Motif M01116

312 Motif M01909

313 Motif M00065

314 Motif M00927

315 Motif M01461

316 Motif M00418

317 Motif M01837

318 Motif M00651

319 Motif M00193

320 Motif PBM0156

321 Motif PBM0140

322 Motif M01054

323 Motif M00993

324 Motif PBM0173

325 Motif PBM0142

326 Motif M01181

327 Motif M01587

328 Motif M00701

329 Motif M00175

330 Motif PBM0037

331 Motif PBM0125

332 Motif M01960

333 Motif M01243

334 Motif M00394

335 Motif M01111

336 Motif M00983

337 Motif M00104

338 Motif M00150

339 Motif M00210

340 Motif M00280

341 Motif M00626

342 Motif M00398

343 Motif M01910

344 Motif M02032

345 Motif M01082

346 Motif M01834

347 Motif M00489

348 Motif M01768

349 Motif M00616

350 Motif MA0091.1

351 Motif M01695

352 Motif M01368

353 Motif M00930

354 Motif M00795

355 Motif M01815

356 Motif M00292

357 Motif M01197

358 Motif PBM0133